सबसे पहले आप सूर्य उदय से पहले उठकर घर की अच्छे से साफ सफाई करें और फिर खुद स्नान आदि से निवृत होकर स्वच्छ कपड़े धारण कर ले.

उसके पश्चात पूजा की सभी सामग्री इकट्ठा कर ले जैसे फल, फूल, अक्षत, कच्चा दूध, अगरबत्ती, धूप बत्ती ,कपूर, गाय का देसी घी, इत्यादि सामग्री तैयार कर ले.

उसके बाद अपने घर के किसी शांत वातावरण में खाटू श्याम बाबा की चौकी सजाए.
चौकी सजाने के लिए आप जिस स्थान पर चौकी बनाना चाहते हैं उस स्थान पर गंगाजल छिड़क कर उस जगह को पवित्र करें.

उसके बाद उस स्थान पर लाल रंग की चादर बिछाए.

चौकी सजाने के बाद आप चौकी पर पूजा की सभी सामग्री रख ले.

उसके बाद खाटू श्याम की प्रतिमा को पंचामृत से अभिषेक करके उन्हें स्वच्छ जल से स्नान कराने के पश्चात उनके शरीर के पानी को किसी स्वच्छ कपड़े से पोंछ दें, खाटू श्याम को स्नान कराने के पश्चात उन्हें स्वच्छ वस्त्र धारण कराकर उनके लिए सजाई गई चौकी पर इन्हें विराजमान कर दें.

उसके बाद खाटू श्याम के सामने गाय का कच्चा दूध फल फूल लड्डू पेड़ा खीर हलवा यह सब कुछ अर्पित करें.

फिर गाय के देसी घी का दीपक जला कर खाटू श्याम की प्रतिमा के सामने प्रवाजलित करें.

दीपक जलाने के बाद आप खाटू श्याम बाबा की प्रतिमा के सामने धूपबत्ती अगरबत्ती जलाएं.

उसके पश्चात खाटू श्याम बाबा को माखन, खीर हलवा लड्डू बर्फी आपसे जो हो सके आप उस चीज का भोग लगाएं.

भोग लगाने के बाद आप कपूर जलाकर खाटू श्याम बाबा की आरती करें.

खाटू श्याम बाबा की आरती करने के पश्चात आप उस आरती का धुआं अपने घर के चारों तरफ फैला दें तथा घर के सभी सदस्य को आरती लेने के लिए कहे और खुद भी आरती लें आरती लेने के पश्चात आप फिर से उस आरती को खाटू बाबा की प्रतिमा के सामने रख दें.

इतनी प्रक्रिया करने के बाद खाटू बाबा की पूजा विधिवत रूप से संपन्न हो जाएगी इसके बाद आप खाटू श्याम बाबा से हाथ जोड़कर क्षमा याचना मांगे और उसके पश्चात अपने समस्त मनोकामना को अपने शब्दों में खाटू श्याम बाबा के सामने प्रस्तुत करें.